Vì thế khi Kenyatta chết ngày 22 tháng 8 năm 1978, Moi trở thành tổng thống và tuyên thệ nhận chức. Ông nổi tiếng, với sự ủng hộ lan rộng trên khắp đất nước. Ông đi kinh lý khắp đất nước và gặp gỡ người dân ở mọi nơi, tạo ra sự tương phản lớn với kiểu điều hành hoàng gia phía sau các cánh cổng khép kín của Kenyatta. Tuy nhiên, các thực tế chính trị bức chế ông phải tiếp tục trung thành với hệ thống của Kenyatta mà ông được thừa hưởng nguyên vẹn, và ông còn quá yếu để củng cố sức mạnh của mình. Từ ban đầu, chống cộng sản là một chủ đề quan trọng của chính quyền Moi; thay mặt cho vị tổng thống mới, phó tổng thống Mwai Kibaki tuyên bố thẳng thừng, "Không có đất cho những người cộng sản tại Kenya."[2]

Ngày 1 tháng 8 năm 1982, định mệnh đã mỉm cười với Moi khi các lực lượng trung thành với chính quyền của ông đập tan một mưu đồ đảo chính của các sĩ quan không quân do Hezekiah Ochuka cầm đầu (xem đảo chính Kenya 1982). Tới ngày này dường như ý đồ do hai nhóm độc lập nhằm chiếm quyền lực cũng đã thất bại, với một nhóm thực hiện ý đồ của mình hơi sớm hơn nhóm kia một chút.

Moi chiếm lấy cơ hội để giải tán các đối thủ chính trị và củng cố quyền lực của mình. Ông giảm bớt ảnh hưởng của những người của Kenyatta trong nội các thông qua một cuộc thẩm vấn kéo dài tạo ra kết quả là sự nhận diện các thành viên chủ chốt của Kenyatta như là những kẻ làm phản. Moi tha tội cho họ nhưng không trước khi xác lập tình trạng làm phản của họ trước công chúng. Những kẻ chủ mưu chính của vụ đảo chính, bao gồm Ochuka, bị tử hình, tạo ra những vụ tử hình cuối cùng tại Kenya. Ông chỉ định những người ủng hộ vào các vị trí quan trọng và thay đổi hiến pháp để thành lập một nhà nước độc đảng ttheo luật định (de jure).

Giới học giả và trí thức Kenya không chấp nhận điều này và các trường đại học cùng cao đẳng trở thành nguồn gốc của các phong trào theo đuổi các cải cách dân chủ. Tuy nhiên, cảnh sát chìm Kenya đã xâm nhập vào các nhóm này và nhiều thành viên phải lưu vong. Chủ nghĩa Marx không còn được giảng dạy tại các trường đại học ở Kenya. Các phong trào bí mật, như Mwakenya và Pambana, đã ra đời.

Chế độ Moi bây giờ phải đối mặt với sự kết thúc Chiến tranh Lạnh, và một nền kinh tế trì trệ do giá dầu tăng và giá sản phẩm nông nghiệp giảm. Cùng thời gian đó phương Tây không còn đối xử với Kenya như trước kia nữa, khi thế giới này nhìn nhận Kenya như là tiền đồn khu vực chiến lược chống lại ảnh hưởng của chủ nghĩa cộng sản từ Ethiopia và Tanzania. Vào thời gian đó Kenya nhận được nhiều viện trợ nước ngoài, và nước này được chấp nhận như là được điều hành tốt với Moi như là vị thủ lĩnh hợp pháp và kiên định trong công vụ. Trấn áp chính trị ngày càng tăng, bao gồm cả việc sử dụng tra tấn, tại các phòng tra tấn trong tòa nhà Nyayo bỉ ổi đã được chủ ý bỏ qua. Một số chứng cứ về các phòng tra tấn này sau này đã được lộ ra vào năm 2003 sau khi Mwai Kibaki trở thành tổng thống.[3]

Tuy nhiên, một suy nghĩ mới đã nổi lên sau khi kết thúc chiến tranh Lạnh, và do Moi ngày càng bị coi là một kẻ chuyên quyền, các khoản viện trợ bị giữ lại cho tới khi có sự tuân thủ các cải cách kinh tế và chính trị. Một trong những điều kiện then chốt áp đặt cho chính quyền của ông, đặc biệt là từ phía Hoa Kỳ thông qua vị đại sứ nóng nảy Smith Hempstone, là sự phục hồi chế độ đa đảng. Moi đã xoay xở để đạt được điều này chống lại lực lượng đối lập mãnh liệt, bằng việc một mình thuyết phục các đoàn đại biểu tại đại hội của KANU ở Kasarani vào tháng 12 năm 1991.

Moi thắng cử năm 1992 và 1997, những cuộc bầu cử tai tiếng bởi các vụ ám sát chính trị ở cả hai phía. Moi khéo léo khai thác các căng thẳng sắc tộc ở Kenya trong các vụ tranh giành này, với sự e ngại luôn hiện diện về việc các bộ lạc nhỏ sẽ bị các bộ lạc lớn thống lĩnh. Không có sự đối lập có hiệu quả và có tổ chức nên Moi dễ dàng thắng cử. Mặc dù có nghi ngờ rằng gian lận bầu cử có thể diễn ra, nhưng yếu tố then chốt trong chiến thắng của ông trong cả hai cuộc bầu cử là sự đối lập bị chia rẽ.